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Une décision ministérielle du 19 février 1929 donne naissance à l'escadrille coloniale de Madagascar. Elle relève du ministre de l'Air mais agit sous la haute autorité du gouverneur et est mise à la disposition du général commandant supérieur des troupes.

Suite au débarquement des Anglais sur l'île le 5 mai 1941, l'aviation militaire française est affaiblie. Elle renaît en 1942 sous le nom de forces aériennes françaises libres en Afrique orientale française. L'escadrille de liaison et de commandement en place à Madagascar reste longtemps la seule unité navigante de l'île. Au moment de l'insurrection en 1947, les forces aériennes sont insuffisantes, de nouvelles unités sont alors créées. Les aviateurs ont pour mission de contribuer au maintien de l'ordre intérieur à Madagascar, aux Comores et sur la côte française des Somalis (Djibouti).

Avec la décolonisation, l'année 1961 voit la création de la première escadrille malgache en collaboration avec les français. L'arrivée au pouvoir en 1972 du dictateur Gabriel Ramanantsoa sonne le glas de la coopération avec la France. Le 31 août 1973, la base d'Ivato est remise aux autorités locales, les troupes françaises se retirent définitivement.

Le fonds émanant de l'Afrique orientale française contient un nombre de cartons limité, notamment en raison de l'absence des archives du 2e bureau.

Parmi les bases aériennes, seule celle d'Ivato présente une documentation complète. Les autres n'offrent que des informations parcellaires, notamment en raison de l'absence des JMO. Un constat similaire s'impose concernant les unités volantes.